某一天，桂小太郎走在街上，遭到試刀殺人的兇手攻擊，後來下落不明。長久一來跟著桂的神祕生物伊莉莎白，前來拜託新八與神樂，幫忙尋找失蹤的桂。但是經過調查，卻發現失蹤的桂可能凶多吉少，而且不是一起單純的試刀殺人案，背後還牽扯到一場企圖顛覆幕府的巨大陰謀，而幕後黑手居然是桂與銀時以前的同志！