設立於東京海底的瑪格梅爾深海水族館，是全球唯一能在近距離觀察野生深海動物的水族館。內向但喜歡深海動物的天城航太郎在此擔任清潔工，與館長大瀨崎湊人邂逅，逐漸受到重用，見證了一幕幕由深海動物與人類交織出來的人生百態。

面對環境變遷，鸚鵡螺在困境中找出的生存之道——
誤解為恐怖異形的隱巧戎，其實懷抱著母愛般的溫柔——
因亮烏鯊而邂逅，牽起深厚的師徒情誼——
紫藍蓋緣水母的光輝，照亮了航太郎登台時刻——

希望這座水族館，能成為照亮所有生存於陰暗之處的動物們的光輝，
希望這裡的邂逅，能一一改變造訪者的人生。