小丸跟貴留子想要前往「番茄天國」而造訪草壁農園。但是，那裡並不是他們的目的地。小丸離開農園搭上渡輪，在船上知道貴留子的過去。

時男聽到玖玖提起在學園出現沒有臉的小嬰兒。

學園裡的大人們究竟隱瞞了什麼？未來的日本又發生了什麼事？這世界的謎團越來越啟人疑竇！