設立於東京海底的瑪格梅爾深海水族館，是全球唯一能在近距離觀察野生深海動物的水族館。內向的天城航太郎在此擔任清潔工兼任保育員助理，學習保育照護他所熱愛的深海動物的一切事物。

認識各種造型奇特的鯊魚卵，就算與眾不同也沒關係——
照護幽靈蛸的過程，化解航太郎與前輩朝陽的誤會——
筐蛇尾像是滿佈在深海裡的星星，代表一段學生時期的青澀回憶——
救起龍宮使者的小男孩，憑著印象前往美好回憶裡的龍宮城——

希望這座水族館，能成為照亮所有生存於陰暗之處的動物們的光輝，
希望這裡的邂逅，能一一改變造訪者的人生。