設立於東京海底的瑪格梅爾深海水族館，是全球唯一能在近距離觀察野生深海動物的水族館。內向的天城航太郎在此擔任清潔工兼任保育員助理，學習保育照護他所熱愛的深海動物的一切事物。

享用「好吃的要命」的深海魚，為鬼門關前回來的同鄉好友加油打氣——
日常生活中隨手丟棄的垃圾，會成為破壞生態的巨大水母繁衍起點——
為親愛的姊姊在水族館籌辦婚禮的朝陽，曾經也想辭去保育員工作——
航太郎巧遇小學同學南風子，告訴她世界上也有吃地球維生的動物——

希望這座水族館，能成為照亮所有生存於陰暗之處的動物們的光輝，
希望這裡的邂逅，能一一改變造訪者的人生。